CAG(Community Advisory Group)は、サンプルを新たに収集した各コミュニティで設置されました。各CAGは、株化した細胞（細胞系）を保存している非営利団体コーリエル（Coriell）医学研究所 とサンプル提供コミュニティをつなぐ役割を担います。 コーリエル医学研究所は、CAGに対してHapMapプロジェクトの進行状況、HapMapの使用目的や保存されている血液サンプルの使用目的について継続的な報告をします。 これは定期的なニュースレター （サンプル提供をした全コミュニティの言語に翻訳）およびコーリエル医学研究所からCAGに対する四半期ごとのレポートで行われます。 CAGはコーリエル医学研究所に対して、プロジェクトやサンプルについてのコミュニケーションの改善方法を提案したり、今後生じるであろうサンプルの将来の使用に関する懸案事項を伝えます。

サンプル提供者が同意した同意書 には、提供されたサンプルはHapMapプロジェクトのみならず、今後の他の研究に使用される可能性があることが記載されています。HapMapデータが更に構築されることにより、こうした今後の研究がHapMapそのものの有用性を高めると考えられます。しかし、このサンプルを用いるであろう全研究を現時点で予測しうるとは限りませんので、将来行われる研究によって、あるコミュニティにとっては特別な懸念を生ずることがあるかもしれません。コーリエル医学研究所はこうした懸念が発生した場合には、CAGと共に問題解決に努めます。万一あるコミュニティのサンプルが同意内容とは相違した方法に使用されるような場合には、CAGは該当コミュニティの全サンプルを配布対象から以後除外することを要求でき、コーリエル医学研究所もその要求に応じます。

各コミュニティのCAGは、各地の文化的規範に従った独自の手続きを確立し、それぞれのメンバーとリーダーシップ構造を決定しています。下記のCAGでは、独自のウェブサイトを開設、あるいは開設準備をしています。：

• 日本CAG
• 中国CAG
• ヨルバCAG

コーリエル医学研究所は、ニュースレターおよび四半期毎の報告書の頒布に加え、支援を希望するCAGに対し、CAGに関連した経費について年間1,000ドルを上限に提供します。コーリエル医学研究所はCAGが望む限り支援を継続するでしょう。