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Les données ENCODE du projet HapMap

 

Population descriptors:    
   YRI     : Yoruba in Ibadan, Nigeria  
   JPT+CHB : Japanese in Tokyo, Japan + Han Chinese in Beijing, China (combined on one plate)
   CEU     : CEPH (Utah residents with ancestry from northern and western Europe)

Generated Fri Apr 13 13:44:05 EDT 2007

Groupes

• David Altshuler et Stacey Gabriel, Broad Institute of Harvard and MIT
• Richard Gibbs and George Weinstock, Baylor College of Medicine

Régions

• Chaque groupe doit reséquencer cinq régions de 500kb.
• Ces régions ont été choisies par le Groupe d’Analyse parmi les régions ENCODE; elles incluent différents chromosomes, taux de recombinaison, densités de gènes, et valeurs de conservation de régions non-transcrites avec la souris.

Échantillons

• 16 Échantillons CEPH HapMap: les DNAs sont présentement disponibles chez Coriell.
• 16 échantillons de Yoruba, 8 du Japon et 8 de Chine faisant partie des échantillons HapMap en cours de transformation chez Coriell.
• Le reséquençage va débuter avec les échantillons CEPH; dès que les autres échantillons seront disponibles, ils seront aussi reséquencés.

Stratégie

• Séquençage PCR pour toutes les régions et dans chaque échantillon.

Publication des données

• Tous les SNPs découverts seront envoyés à dbSNP.

Groupes

• David Altshuler et Stacey Gabriel, Broad Institute of Harvard and MIT
• Mark Chee, Illumina
• Richard Gibbs et John Belmont, Baylor College of Medicine
• Thomas Hudson,Centre d'innovation Génome Québec et Université McGill
• Pui Kwok, UCSF

Régions

• Les régions sont les mêmes dix régions qui sont reséquencées.
• Chaque groupe reséquencera les régions ENCODE de 500kb présentes dans les chromosomes qui leur ont été assignés.

Échantillons

• Les échantillons qui seront génotypés seront les mêmes 270 (en plus de cinq duplicata par plaque) utilisés pour le projet HapMap:
• 90 échantillons CEPH: incluant les 16 qui ont été reséquencés: ceux-ci sont présentement disponibles et le génotypage peut commencer immédiatement.
• 90 échantillons de Yoruba: en cours de transformation chez Coriell.
• 45 échantillons japonais: en cours de transformation chez Coriell.
• 45 échantillons chinois Han: en cours de transformation chez Coriell.

Stratégie

• Tous les SNPs dans ces régions seront génotypés. Pour commencer, les SNPs présents dans dbSNPs seront génotypés.
• Au fur et à mesure que de nouveaux SNPs seront trouvés par le projet de reséquençage, ils seront génotypés.
• Quand les autres échantillons à part CEPH, seront disponibles, tous les SNPs connus seront génotypés et les nouveaux SNPs seront génotypés dans les échantillons CEPH.

Publication des données

• Toutes les données de génotypage seront envoyées au DCC de la même façon que les autres données de génotypage du projet HapMap.

Groupe

• Perlegen

Régions

• Chacune des dix régions.

Échantillons

• Au départ, les 90 échantillons CEPH du projet HapMap (plus 5 duplicata).
• Si le Groupe d’Analyse est intéressé, Perlegen pourrait génotyper ces SNPs dans les autres échantillons lorsque ceux-ci seront disponibles.

Stratégie

• Perlegen génotypera toutes les régions, tous les SNPs dans dbSNP et tous les SNPs qu’ils ont.

Publication des données

• Perlegen enverra ses SNPs dans ces régions à dbSNP (en tant que nouveaux SNPs ou comme validation de ceux présents dans dbSNP).
• Les données de génotypage seront envoyées au DCC et distribuées de la même façon que les autres données du projet HapMap.

Last updated : encode1.html.fr,v 1.5 2004/06/10 13:32:30 krishnan Exp